文章概要:作者山脚下的蚂蚁,凭借临床试验行业从业十几年的经验,简要介绍了临床试验的概念、统计师和SAS程序员等角色的工作职责、及统计分析的流程等
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开篇之从心出发——统计分析流程
想了半天,不知道从何说起。。。
十一年的临床数据分析工作经验,虽不如小胖那么资深和有趣,但是肚子里或多或少还是能吐出来点经验的;这些经验在专家和大拿面前虽不值一提,但是也有很多小白可能想了解。如果能给小白或者误入的你一些指导,也值了。但是对于摸着石头过河,仅凭个人意见和见解,肯定时有纰漏,欢迎各位批评指正!!!
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以上文字为1年半前有分享冲动的时候( 2022年07月02日)写的,夭折在草稿箱里。
今日突然又来了分享的冲动,故又将已经关闭的公众号重启。单纯为了分享和记录经验。欢迎同行批评指正!!!
先自我介绍一下,郑州大学数学系信息与计算科学专业本科+华东师范大学概率论与数理统计专业硕士;2011年硕士毕业后开始从事临床数据分析工作,前五年工作侧重编程工作,后8年侧重统计和管理;10年乙方+3年甲方。由于更多的是乙方经验,故经验分享可能更多的是乙方视角。如不适用甲方,欢迎批评指正!!!
至于开篇先分享什么内容呢?由于希望能够系统地、有顺序地、更多地给新人以全局观,故开篇我决定先来介绍一下统计及编程的工作内容和流程。
统计和编程部门的工作内容通常包括(这里边有很多英文简写,新人需要熟悉一下,这是以后工作当中的常用语,各个公司的叫法可能略微不同):
•样本量计算等(常用软件有PASS, EAST)
•方案(Protocol)审阅
•受试者随机化、药物的随机抽样和/或现场编盲 (独立团队执行)
•统计分析计划(SAP,Statistical Analysis Plan)和图表(TFL,有些公司习惯称为TLF,TLG)模板(Shell或者Mockup)
•分析集定义和制作(定义Specification简称Spec,ADS 或 CDISC标准下的SDTM/ADaM)
•报表制作
•方案偏离(PD, Protocol Deviation)分类定义列表审核、编程、以及生成列表的审阅
•PK数据的整理和/或分析
•统计分析报告(SAR, Statistical Analysis Report)(目前为非必要)
•临床试验报告(CSR, Clinical Study Report)审阅
•其他统计分析的支持工作(比如支持IB,DSUR,Patient Profile)
以上黑体部分工作内容,通常是由统计程序员的工作范畴;其余为统计师的工作范畴。
讲详细流程之前,我先简单科普一下药物的研发过程,使得新人心中有一个概念(这里有一点需要提一下,只要说临床试验,受试者就是人了):
接下来,关于各个部门的职能,我来简单科普一下,供参考:
另外,参加临床试验的受试者需要经历的流程,也需要熟悉,以后统计分析过程中很多编程逻辑可能需要用到这里的时间逻辑。
筛选从签署知情同意书(ICF, Informed Consent Form)开始,筛选成功以后,开始随机或者入组,然后开始用药。接下来就是按照方案要求进行访视,直到结束治疗(正常结束或者提早结束),然后按照方案进行随访。
*入组这个概念,对不同的部门,可能会存在不同的定义。如果不存在随机流程的试验,从统计角度,如果方案或CRF无特别说明,入组可以指的是开始用药。为了避免歧义,可以避免使用入组(英文为:Enroll)这个字眼。
接下来进入正题,常规统计分析的基本流程如下图所示。
第一步,统计师审阅方案和CRF,了解试验设计和数据如何收集;
第二步,基于定稿的(至少是稳定版本)方案和CRF,统计师制定SAP;
第三步, 基于稳定的SAP以及初步EDC 原始数据或者UAT测试数据,程序员进行分析数据集的定义(Spec)撰写和然后根据Spec两人独立背靠背编程,生成分析数据集(ADS,Analysis Data Set); 如果是CDISC标准,这里需要先制作SDTM,然后再制作ADaM。如果不遵循 CDISC, ADS可以制成CDISC-like的ADaM。CDISC当前国内递交的数据是推荐,不是强制。以后找专门的一期话题来聊CDISC,这里不做赘述。
第四步,根据生成的分析数据,程序员来编程制作图表。根据项目难易以及数据量来选择单人还是双人编程。项目试验设计简单,样本量小,产生的数据量也比较小的情况,采用单人编程+同行审阅(Peer Review)也不失为一种高效的选择。当然,在时间允许、人员允许的情况下,还是尽量做双人独立编程。
第五步,基于锁库后数据生成的图表,质控(QC,quality control)后,统计师撰写SAR,然后医学写作(Medical Writer)根据SAR撰写CSR;或者由医学写作直接撰写CSR。
下图细化了有PK数据处理和分析时,统计编程的基本流程,不再赘述。
先写到这里吧,如有需要,可以私信我来免费获取详细的统计分析流程~
如有问题,可以留言给我,我会尽快回复~
篇幅有限,细节没完全覆盖,欢迎留言区里讨论~
如有纰漏,欢迎指正~
完结
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